Dr.H.Kusnadi selalu menyampaikan gagasannya untuk membangun rumah sakit. Maka dalam tempo yang singkat Dr.H.Kusnadi akhirnya mampu meyakinkan pihak-pihak terkait untuk ikut mendukung pendirian rumah sakit tersebut, termasuk di dalamnya tokoh-tokoh penting dalam persyarikatan Muhammadiyah. Maka sesuai dengan tujuan dan usaha-usaha Muhammadiyah selama ini, pimpinan Muhammadiyah pun bersepakat segera mendirikan sebuah rumah sakit di Jakarta.

Setelah melalui berbagai pertimbangan dan usul-usul tentang pendirian rumah sakit tersebut serta ketentuan perundangan yang berlaku, maka tanggal 18 April 1967 berdasarkan akte nomer 36 tahun 1967 dengan notaris R.Surojo Wongsowidjojo, berdirilah Yayasan Rumah Sakit Islam Jakarta (RSIJ) yang diketuai langsung oleh Dr.Kusnadi.

Kemudian pengurus Yayasan semakin intens, terutama dalam mendapatkan dana pembangunan rumah sakit. Salah satu upaya pencarian dana adalah melalui NOVIB (Nederlands Organisatie Voor Internationle Behulpazaam Heid) yaitu salah satu lembaga pemerintahan Belanda yang memberikan bantuan dana ke pihak-pihak yang memerlukannya.

Selain dari NOVIB, pada saat itu mendapatkan bantuan dari berbagai pihak di antaranya dari jasa para pengusaha muslim dan pemerintah DKI Jakarta yang dipergunakan untuk pembangunan sarana fisik Rumah Sakit Islam Jakarta. Terlebih lagi setelah diperoleh tanah seluas lebih kurang 7 (tujuh) hektar yang terletak di daerah Cempaka Putih. Dalam hal alokasi tanah di daerah tersebut Bapak Gubernur DKI Jakarta Letnan jendral (Purn) Ali sadikin memiliki andil cukup besar dan membantu perkembangan selanjutnya.

Pada tanggal 7 Maret 1968, terjadi penandatanganan MOU (Memorandum Of Understanding) antara pihak Yayasan Rumah sakit Islam Jakarta yang diwakili oleh Dr.H.Kusnadi dengan SCCFA (State Committe for Coordinating Foreign Aid) yang bernaung di Departemen Luar Negeri Pemerintahan belanda yang diwakili oleh B.J.Oeding. Isi perjanjian tersebut SCCFA akan memberikan bantuan sebesar 75% dari biaya yang dibutuhkan untuk membangun Rumah Sakit Islam Jakarta.

Setelah melalui lika-liku perjuangan yang sangat panjang dan melelahkan, akhirnya pada tahun 1971 tepatnya pada tanggal 23 juni 1971, Rumah Sakit Islam Jakarta berdiri dengan kokoh yang diresmikan oleh Presiden Soeharto. Pada saat itu Rumah Sakit Islam Jakarta memiliki gedung dengan fasilitas ruang perawatan 56 tempat tidur.

Pada tahun 1972 Rumah Sakit Islam Jakarta mendapatkan bantuan dari presiden Soeharto dalam pembangunan kamar operasi.

Pada tahun 1973 dibangun ruang perawatan kelas I dengan kapasitas 16 tempat tidur.

Dengan penataan manajemen yang ketat, maka pada tahun 1975 Rumah Sakit Islam Jakarta ternyata memperoleh surplus dana. Atas peran Bapak Fahmi Chotib, Drs,Ek sebagai Direktur Keuangan dengan keahliannya dibidang manajemen sangat dirasakan, demikian pula peran Bapak HS.Projokusumo yang selalu mengingatkan akan pentingnya peralatan, pemeliharaan dan internal control. Namun demikian dana tersebut belum mencukupi untuk pengembangan sarana fisik, alat-alat medik maupun peningkatan biaya hidup karyawan yang jumlahnya dari tahun ke tahun terus meningkat.

Pada tahun 1979 atas bantuan presiden Soeharto dibangun lagi empat buah gedung perawatan. Pada tahun inilah istilah Zaal dirubah menjadi Pavilium. Masih pada tahun  tersebut dengan dukungan anggaran pendapatan sendiri Rumah Sakit Islam Jakarta berhasil membangun Apotik, kamar Rontgen dan laboratorium. Pada tahun 1981 dibangun lagi ruang perawatan kelas 1 dengan kapasitas 32 tempat tidur dan asrama putera dengan kapasitas 56 orang.

Pada tahun 1982 dibangun gedung Sekolah Perawatan Kesehatan (SPK) yang berlantai empat mampu menampung 100 siswi. Pembangunan tersebut mendapat dukungan dari Pemerintah Saudi Arabia. Pada tahun ini juga Rumah Sakit Islam Jakarta berhasil membangun ruang perawatan untuk Intensif Care Unit (ICU) dengan kapasitas 8 tempat tidur yang dilengkapi dengan fasilitas gas medik sentral.

Dari tahun ke tahun Rumah Sakit Islam Jakarta terus berkembang seperti pada tahun 1986/1987 memiliki kapasitas tempat tidur sebanyak 250 tempat tidur untuk perawatan kelas III, yang berarti 50% total kapasitas tempat tidur di Rumah Sakit Islam Jakarta. Hal ini menunjukan wujud fungsi sosial Rumah Sakit Islam Jakarta sebagai amal usaha Muhammadiyah yang selalu memperlihatkan orang-orang kecil yang tidak mampu.

Pada taggal 23 juni 2001 Rumah Sakit Islam Jakarta telah mampu menyediakan 466 tempat tidur didukung 1.444 orang tenaga medis, perawat, dan non medis serta berbagai peralatan canggih.

Rumah Sakit Islam Jakarta memiliki kapasitas 411 tempat tidur, ditunjang dengan tenaga medis, perawat dan non medis, penambahan fasilitas rawat jalan spesialis dan sub spesialis dengan fasilitas yang nyaman di "Klinik Raudhah"

Insya Allah bulan 9 Februari 2013 akan diresmikan penggunaan gedung baru “Gedung Mina” oleh Ketua Umum PP Muhammadiyah Prof.DR.Din Syamsudin, MA bersama Wamenkes Prof. DR.Ali Ghufron, MSc., Ph.D dan Gubernur DKI Jakarta Ir. Joko Widodo.

Dengan fasilitas