Tiga bentuk setengah lingkaran dalam wujud 3 dimensi adalah tiga mutiara yang berkilau memantulkan warna kilau kuning keemasan, seraya menggambarkan nuansa langit senja tanah maluku.  Tiga merupakan simbol yang mewakili tiga bagian besar Maluku, yaitu : Maluku Utara, Maluku Tengah, dan Maluku Tenggara.  Artinya Bank Maluku merupakan milik masyarakat Maluku secara utuh dan keseluruhan dengan cita-cita luhur membangun Bangsa Indonesia berdasarkan Pancasila dan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia.

Mutiara adalah permata berbentuk bulatan berasal dari kerang mutiara.  Mutiara merupakan hasil-hasil laut yang merupakan unggulan dari kepulauan maluku dan merupakan peningkat devisa daerah.  nilai keindahan dan nilai ekonomi ini tertuang dalam logo Bank Maluku, artinya bahwa Bank Maluku memiliki citra yang tinggi, diminati oleh semua orang dan memiliki nilai ekonomi yang kuat.  Kilauan dan pantulan sinar mutiara menggambarkan Bank Maluku yang senantiasa menerima dan memberikan kembali sesuatu dari masyarakat maluku.

Tulisan Bank Maluku yang menyertai logo, merupakan kekuatan logo dan merupakan kejelasan terhadap logo bahwa logo adalah logo Bank Maluku.